原标题:2014年7月1日，我所张昱实验室在线发表题为“Genome-wide identification of CRISPR/Cas9 off-targets inhuman genome”的文章

　　CRISPR(clustered regularly interspersed short palindromicrepeats)/Cas9是最近出现的一种由靶向RNA（guide RNA）指导Cas9核酸酶对基因组进行特定位点DNA剪切编辑（genome editing）的技术。近来，随着此技术在实验室研究及转化研究中得到快速广泛应用，其可能存在的脱靶效应（off-target）也逐渐得到重视。目前，对于CRISPR/Cas9脱靶效应的研究大部分局限于体外实验或非内源性的底物，同时也缺乏一种基于全基因组的系统分析方法。 在本研究中，张昱实验室的研究人员建立了染色体免疫沉淀和二代高通量测序（ChIP-seq）的方法，研究了Cas9蛋白和特异靶向RNA在人类细胞基因组中的结合图谱。研究发现，对于不同靶向RNA，Cas9蛋白在人类基因组中具有特异的结合脱靶效应。针对这些脱靶效应位点的进一步生物信息学分析发现，它们大部分都含有保守的与靶向RNA互补的10到12个碱基的种子序列 (seed region)和3个碱基的PAM序列（proto-spaceradjacent motif）。 令人惊讶的是，体内和体外实验发现对于大部分的这些脱靶效应位点（除了两个位点外），Cas9虽然结合但并不切割这些脱靶位点。另外，本研究也发现Cas9蛋白的结合脱靶效应具有细胞特异性，提示染色质构象和其他可能的表观遗传因子参与了调控。这项研究为进一步研究CRISPR/Cas9基因组编辑的分子机制及优化其在体内和体外的应用提供了重要的工具和方法。

　　我所与协和医科大学联合培养的2012级博士生段金志和芦广庆为本文共同第一作者，我所技术员谢展完成了主要的生物信息学数据分析，本文其它作者包括毕设本科生娄明亮、联合培养硕士生罗娇、技术员郭磊。张昱博士为本文通讯作者。该研究由科技部及北京市政府资助，在北京生命科学研究所完成。张昱博士的实验室同时由中组部“青年千人”及北京市优秀人才培养资助。

　　消息来源：http://www.nibs.ac.cn/?act=view&id=4657